| 14. Jornada | 30.11.2008 | Gimnàstic de Tarragona | - | Hércules CF | 2:2 |  |
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| 16. Jornada | 14.12.2008 | Tenerife | - | Hércules CF | 3:2 | ||||
| 17. Jornada | 20.12.2008 | Hércules CF | - | Huesca | 3:2 | |
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| 18. Jornada | 04.01.2009 | Celta | - | Hércules CF | 2:1 | ||||
| 19. Jornada | 10.01.2009 | Hércules CF | - | Alicante CF | 1:2 | ||||
| 21. Jornada | 25.01.2009 | Hércules CF | - | UD Salamanca | 2:2 |  |
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| 23. Jornada | 07.02.2009 | Rayo | - | Hércules CF | 1:0 | ||||
| 25. Jornada | 22.02.2009 | Real Sociedad | - | Hércules CF | 1:2 | |
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| 30. Jornada | 29.03.2009 | Alavés | - | Hércules CF | 1:3 | ||||
| 35. Jornada | 03.05.2009 | Hércules CF | - | Gimnàstic de Tarragona | 2:2 | ||||
| 36. Jornada | 09.05.2009 | Eibar | - | Hércules CF | 0:1 | ||||
| 38. Jornada | 24.05.2009 | Huesca | - | Hércules CF | 0:0 |
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