| 1. Jornada | 03.04.1999 | Zenit | - | Uralan Elista | 2:0 |  |
|||
| 2. Jornada | 11.04.1999 | Shinnik Yaroslavl | - | Zenit | 0:0 | ||||
| 3. Jornada | 17.04.1999 | Zenit | - | Chernomorets Novorossisk | 1:1 | ||||
| 4. Jornada | 25.04.1999 | Zenit | - | Spartak Moskva | 1:2 | ||||
| 5. Jornada | 02.05.1999 | CSKA Moscú | - | Zenit | 2:2 | ||||
| 6. Jornada | 09.05.1999 | Zenit | - | Rotor Volgograd (1929-2005) | 1:1 | ||||
| 7. Jornada | 15.05.1999 | Rostselmash Rostov | - | Zenit | 2:1 |  |
|||
| 8. Jornada | 22.05.1999 | Zenit | - | Torpedo Moskva | 0:0 | ||||
| 9. Jornada | 29.05.1999 | Lok. Nizhni Novgorod | - | Zenit | 1:0 | ||||
| 10. Jornada | 13.06.1999 | Zenit | - | FK Saturn | 2:1 | ||||
| 12. Jornada | 23.06.1999 | Zenit | - | Lokomotiv Moskva | 1:2 | ||||
| 16. Jornada | 14.07.1999 | Zenit | - | Shinnik Yaroslavl | 2:1 | ||||
| 17. Jornada | 21.07.1999 | Chernomorets Novorossisk | - | Zenit | 1:0 | ||||
| 18. Jornada | 28.07.1999 | Spartak Moskva | - | Zenit | 4:1 | ||||
| 24. Jornada | 18.09.1999 | FK Saturn | - | Zenit | 1:0 | ||||
| 28. Jornada | 23.10.1999 | Krylia Sovetov | - | Zenit | 3:2 | ||||
| 29. Jornada | 30.10.1999 | Zenit | - | Alania Vladikavkaz | 2:2 | ||||
| 30. Jornada | 08.11.1999 | Uralan Elista | - | Zenit | 0:0 |
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