| 17. Jornada | 17.11.2012 | FC Nitra | - | 1. FC Tatran Prešov | 4:1 | ||||
| 18. Jornada | 24.11.2012 | MFK Košice | - | FC Nitra | 4:0 | ||||
| 19. Jornada | 30.11.2012 | FC Nitra | - | MŠK Žilina | 2:0 | ||||
| 20. Jornada | 02.03.2013 | Spartak Trnava | - | FC Nitra | 2:0 | ||||
| 21. Jornada | 10.03.2013 | FC Nitra | - | Slovan Bratislava | 0:3 | ||||
| 22. Jornada | 15.03.2013 | FK Senica | - | FC Nitra | 2:1 | ||||
| 23. Jornada | 30.03.2013 | AS Trenčín | - | FC Nitra | 3:0 | ||||
| 24. Jornada | 02.04.2013 | FC Nitra | - | MFK Ružomberok | 3:0 |  |
|||
| 25. Jornada | 06.04.2013 | Zlaté Moravce | - | FC Nitra | 1:2 | ||||
| 26. Jornada | 14.04.2013 | Spartak Myjava | - | FC Nitra | 0:0 | |
|||
| 27. Jornada | 20.04.2013 | FC Nitra | - | FK Dukla Banská Bystrica | 3:1 | ||||
| 30. Jornada | 23.04.2013 | MŠK Žilina | - | FC Nitra | 1:2 | ||||
| 28. Jornada | 27.04.2013 | 1. FC Tatran Prešov | - | FC Nitra | 0:1 | |
|||
| 29. Jornada | 14.05.2013 | FC Nitra | - | MFK Košice | 1:0 | ||||
| 31. Jornada | 18.05.2013 | FC Nitra | - | Spartak Trnava | 3:3 | ||||
| 32. Jornada | 22.05.2013 | Slovan Bratislava | - | FC Nitra | 4:0 | ||||
| 33. Jornada | 26.05.2013 | FC Nitra | - | FK Senica | 0:1 |
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