| 13. Jornada | 13.12.1998 | Ionikos Nikea | - | Veria FC | 1:0 | ||||
| 14. Jornada | 20.12.1998 | OFI Heraklion | - | Ionikos Nikea | 2:1 |  |
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| 15. Jornada | 16.01.1999 | Ionikos Nikea | - | Paniliakos Pyrgos | 1:1 | |
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| 17. Jornada | 30.01.1999 | Ionikos Nikea | - | Ethnikos Asteras | 5:0 | ||||
| 18. Jornada | 07.02.1999 | PAOK Saloniki | - | Ionikos Nikea | 0:0 | |
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| 19. Jornada | 14.02.1999 | Panionios GSS | - | Ionikos Nikea | 0:2 | ||||
| 20. Jornada | 20.02.1999 | Ionikos Nikea | - | Aris Saloniki | 3:0 | ||||
| 21. Jornada | 28.02.1999 | AO Kavala | - | Ionikos Nikea | 1:3 | ||||
| 22. Jornada | 07.03.1999 | Ionikos Nikea | - | Panathinaikos | 4:4 | |
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| 23. Jornada | 14.03.1999 | Ethnikos Piraeus | - | Ionikos Nikea | 1:2 |  |
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| 24. Jornada | 21.03.1999 | Ionikos Nikea | - | Iraklis Saloniki | 0:2 | |
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| 27. Jornada | 25.04.1999 | Ionikos Nikea | - | AEK Athen | 2:1 | |
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| 28. Jornada | 02.05.1999 | Apollon Smyrnis | - | Ionikos Nikea | 1:1 | ||||
| 29. Jornada | 09.05.1999 | Ionikos Nikea | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 3:0 | |
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| 30. Jornada | 12.05.1999 | Veria FC | - | Ionikos Nikea | 0:2 | |
|
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| 33. Jornada | 23.05.1999 | Ionikos Nikea | - | AO Proodeftiki | 2:0 | |
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| 34. Jornada | 30.05.1999 | Ethnikos Asteras | - | Ionikos Nikea | 1:1 |
Grecia