| 16. Jornada | 07.01.2007 | Panathinaikos | - | AO Egaleo | 1:0 | ||||
| 17. Jornada | 14.01.2007 | Ionikos Nikea | - | Panathinaikos | 0:4 | ||||
| 18. Jornada | 20.01.2007 | Skoda Xanthi | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 19. Jornada | 27.01.2007 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 2:0 |  |
 |
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| 20. Jornada | 03.02.2007 | PAOK Saloniki | - | Panathinaikos | 2:1 | ||||
| 21. Jornada | 11.02.2007 | Panathinaikos | - | OFI Heraklion | 2:2 | ||||
| 22. Jornada | 18.02.2007 | AEK Athen | - | Panathinaikos | 1:4 | |
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| 24. Jornada | 04.03.2007 | Olympiacos | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 25. Jornada | 11.03.2007 | Panathinaikos | - | Ergotelis | 0:1 | ||||
| 26. Jornada | 18.03.2007 | Panathinaikos | - | Atromitos | 1:2 | ||||
| 27. Jornada | 15.04.2007 | Apollon Kalamarias | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 28. Jornada | 22.04.2007 | Panathinaikos | - | Aris Saloniki | 0:1 | ||||
| 29. Jornada | 29.04.2007 | AE Lárissa | - | Panathinaikos | 1:1 | |
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| 30. Jornada | 13.05.2007 | Panathinaikos | - | AO Kerkyra | 2:2 | |
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