| 15. Jornada | 16.01.1999 | Apollon Smyrnis | - | Ethnikos Piraeus | 4:0 | ||||
| 16. Jornada | 23.01.1999 | Iraklis Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 2:0 | ||||
| 17. Jornada | 30.01.1999 | Apollon Smyrnis | - | Skoda Xanthi | 2:1 | ||||
| 18. Jornada | 08.02.1999 | Olympiacos | - | Apollon Smyrnis | 0:0 | ||||
| 19. Jornada | 14.02.1999 | Apollon Smyrnis | - | AEK Athen | 1:1 | ||||
| 20. Jornada | 21.02.1999 | Apollon Smyrnis | - | Panionios GSS | 0:0 |  |
|||
| 21. Jornada | 28.02.1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Apollon Smyrnis | 1:0 | |
|||
| 23. Jornada | 14.03.1999 | OFI Heraklion | - | Apollon Smyrnis | 0:1 | ||||
| 24. Jornada | 21.03.1999 | Apollon Smyrnis | - | Paniliakos Pyrgos | 5:0 | |
|||
| 25. Jornada | 28.03.1999 | AO Proodeftiki | - | Apollon Smyrnis | 0:1 | ||||
| 26. Jornada | 17.04.1999 | Apollon Smyrnis | - | Ethnikos Asteras | 2:2 | |
|||
| 27. Jornada | 25.04.1999 | PAOK Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 3:1 | ||||
| 28. Jornada | 02.05.1999 | Apollon Smyrnis | - | Ionikos Nikea | 1:1 | |
|||
| 31. Jornada | 16.05.1999 | Apollon Smyrnis | - | Panathinaikos | 1:3 |
Grecia