| 17. Jornada | 10.01.2009 | Panthrakikos | - | Panathinaikos | 1:3 | ||||
| 18. Jornada | 18.01.2009 | PAOK Saloniki | - | Panthrakikos | 2:0 | ||||
| 19. Jornada | 25.01.2009 | Panthrakikos | - | Iraklis Saloniki | 1:0 | ||||
| 20. Jornada | 01.02.2009 | Panionios GSS | - | Panthrakikos | 3:0 | ||||
| 21. Jornada | 07.02.2009 | Panthrakikos | - | Olympiacos | 0:2 | ||||
| 22. Jornada | 15.02.2009 | Panthrakikos | - | AE Lárissa | 0:1 | ||||
| 23. Jornada | 22.02.2009 | Thrasyvoulos Fylis | - | Panthrakikos | 0:2 | ||||
| 24. Jornada | 01.03.2009 | Panthrakikos | - | Asteras Tripolis | 0:0 | ||||
| 25. Jornada | 08.03.2009 | Skoda Xanthi | - | Panthrakikos | 1:0 | ||||
| 26. Jornada | 15.03.2009 | Panthrakikos | - | Panserraikos | 2:1 | ||||
| 27. Jornada | 22.03.2009 | OFI Heraklion | - | Panthrakikos | 4:3 | ||||
| 28. Jornada | 05.04.2009 | Panthrakikos | - | AEK Athen | 1:1 |  |
 |
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| 29. Jornada | 12.04.2009 | Panthrakikos | - | Levadiakos | 1:3 | ||||
| 30. Jornada | 26.04.2009 | Aris Saloniki | - | Panthrakikos | 3:2 |
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