| 17. Jornada | 02.03.2024 | FC Sellier & Bellot Vlašim | - | FK Varnsdorf | 0:0 |  |
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| 18. Jornada | 10.03.2024 | FK Varnsdorf | - | FK Dukla Praha | 0:1 | ||||
| 19. Jornada | 17.03.2024 | AC Sparta Praha B | - | FK Varnsdorf | 1:2 | ||||
| 20. Jornada | 27.03.2024 | FK Varnsdorf | - | Sk Lisen | 1:1 | ||||
| 21. Jornada | 06.04.2024 | FK MAS Táborsko | - | FK Varnsdorf | 4:1 | |
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| 22. Jornada | 14.04.2024 | FK Varnsdorf | - | Zbrojovka Brno | 4:1 | ||||
| 23. Jornada | 17.04.2024 | MFK Chrudim | - | FK Varnsdorf | 1:1 | |
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| 24. Jornada | 21.04.2024 | FK Varnsdorf | - | 1. SK Prostějov | 5:1 | ||||
| 25. Jornada | 27.04.2024 | MFK Vyškov | - | FK Varnsdorf | 2:1 | ||||
| 26. Jornada | 03.05.2024 | Vysočina Jihlava | - | FK Varnsdorf | 3:3 | ||||
| 27. Jornada | 08.05.2024 | FK Varnsdorf | - | Hanácká Slávia Kroměříž | 3:2 | ||||
| 28. Jornada | 12.05.2024 | Viktoria Žižkov | - | FK Varnsdorf | 1:1 | ||||
| 29. Jornada | 19.05.2024 | FK Varnsdorf | - | FK Příbram | 1:0 |
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