| 17. Jornada | 30.11.2008 | NK Zadar | - | NK Inter Zaprešić | 1:1 | ||||
| 20. Jornada | 01.03.2009 | NK Inter Zaprešić | - | Hajduk Split | 0:4 | ||||
| 24. Jornada | 05.04.2009 | NK Inter Zaprešić | - | Slaven Belupo | 1:0 | ||||
| 25. Jornada | 11.04.2009 | Dinamo Zagreb | - | NK Inter Zaprešić | 1:0 | ||||
| 26. Jornada | 19.04.2009 | NK Inter Zaprešić | - | Hajduk Split | 0:2 | ||||
| 27. Jornada | 22.04.2009 | NK Osijek | - | NK Inter Zaprešić | 1:1 | ||||
| 28. Jornada | 26.04.2009 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Cibalia | 0:0 |  |
|||
| 29. Jornada | 03.05.2009 | NK Zagreb | - | NK Inter Zaprešić | 1:0 | ||||
| 30. Jornada | 10.05.2009 | NK Croatia Sesvete | - | NK Inter Zaprešić | 0:3 | ||||
| 31. Jornada | 17.05.2009 | NK Inter Zaprešić | - | NK Zadar | 2:2 |  |
|||
| 32. Jornada | 24.05.2009 | NK Varteks | - | NK Inter Zaprešić | 0:1 | ||||
| 33. Jornada | 31.05.2009 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Rijeka | 3:0 |
Croacia