| 6. Jornada | 31.08.2008 | NK Inter Zaprešić | - | NK Zadar | 3:1 | ||||
| 16. Jornada | 23.11.2008 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Cibalia | 1:2 | ||||
| 21. Jornada | 08.03.2009 | Slaven Belupo | - | NK Inter Zaprešić | 1:0 | ||||
| 23. Jornada | 22.03.2009 | HNK Šibenik | - | NK Inter Zaprešić | 4:0 |  |
|||
| 25. Jornada | 11.04.2009 | Dinamo Zagreb | - | NK Inter Zaprešić | 1:0 |  |
|||
| 26. Jornada | 19.04.2009 | NK Inter Zaprešić | - | Hajduk Split | 0:2 | ||||
| 27. Jornada | 22.04.2009 | NK Osijek | - | NK Inter Zaprešić | 1:1 |  |
|||
| 28. Jornada | 26.04.2009 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Cibalia | 0:0 | ||||
| 29. Jornada | 03.05.2009 | NK Zagreb | - | NK Inter Zaprešić | 1:0 | ||||
| 30. Jornada | 10.05.2009 | NK Croatia Sesvete | - | NK Inter Zaprešić | 0:3 | ||||
| 31. Jornada | 17.05.2009 | NK Inter Zaprešić | - | NK Zadar | 2:2 |
Eslovenia
Croacia