| 20. Jornada | 05.02.2021 | FC St. Pauli | - | SV Sandhausen | 2:1 | ||||
| 21. Jornada | 14.02.2021 | 1. FC Nürnberg | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 22. Jornada | 20.02.2021 | FC St. Pauli | - | Darmstadt | 3:2 | ||||
| 23. Jornada | 01.03.2021 | FC St. Pauli | - | Hamburgo | 1:0 |  |
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| 24. Jornada | 06.03.2021 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 25. Jornada | 15.03.2021 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 0:2 | ||||
| 28. Jornada | 10.04.2021 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 29. Jornada | 17.04.2021 | FC St. Pauli | - | Würzburger Kickers | 4:0 | ||||
| 30. Jornada | 21.04.2021 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 2:0 | |
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| 34. Jornada | 23.05.2021 | Jahn Regensburg | - | FC St. Pauli | 3:0 |
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