| 3. Jornada | 04.09.2011 | Atlético Junior | - | Deportes Quindío | 4:0 |  |
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| 4. Jornada | 11.09.2011 | Deportivo Pereira | - | Atlético Junior | 1:2 | |
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| 5. Jornada | 15.09.2011 | Atlético Junior | - | Atlético Nacional | 1:1 | ||||
| 6. Jornada | 17.09.2011 | Envigado FC | - | Atlético Junior | 2:0 | ||||
| 7. Jornada | 23.09.2011 | Atlético Junior | - | La Equidad | 3:0 |  |
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| 8. Jornada | 26.09.2011 | América de Cali | - | Atlético Junior | 0:1 | ||||
| 9. Jornada | 29.09.2011 | Real Cartagena | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| 10. Jornada | 03.10.2011 | Atlético Junior | - | Santa Fe | 3:3 | |
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| 11. Jornada | 16.10.2011 | Atlético Junior | - | Itagüi Ditaires | 0:0 | ||||
| 12. Jornada | 23.10.2011 | Atlético Huila | - | Atlético Junior | 2:3 | ||||
| 13. Jornada | 03.11.2011 | Atlético Junior | - | Cúcuta Deportivo | 2:2 | ||||
| 15. Jornada | 17.11.2011 | Atlético Junior | - | Independiente Medellín | 4:3 | |
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| 16. Jornada | 20.11.2011 | Boyacá Chicó | - | Atlético Junior | 3:0 |  |
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