| 2. Jornada | 10.07.2016 | Atlético Junior | - | Independiente Medellín | 1:1 | ||||
| 4. Jornada | 18.07.2016 | Atlético Junior | - | Santa Fe | 2:1 | ||||
| 5. Jornada | 24.07.2016 | Deportivo Pasto | - | Atlético Junior | 1:1 |  |
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| 6. Jornada | 31.07.2016 | Atlético Junior | - | Alianza Petrolera | 2:0 | |
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| 8. Jornada | 14.08.2016 | Atlético Junior | - | Águilas Doradas | 1:1 | ||||
| 10. Jornada | 29.08.2016 | Atlético Junior | - | Jaguares de Córdoba | 1:0 | ||||
| 7. Jornada | 04.09.2016 | Jaguares de Córdoba | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 11. Jornada | 11.09.2016 | Atlético Junior | - | Fortaleza FC | 1:2 | ||||
| 13. Jornada | 18.09.2016 | Atlético Junior | - | Once Caldas | 0:1 |  |
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| 14. Jornada | 26.09.2016 | Boyacá Chicó | - | Atlético Junior | 2:2 | ||||
| 3. Jornada | 08.10.2016 | Patriotas FC | - | Atlético Junior | 3:2 | ||||
| 18. Jornada | 30.10.2016 | Atlético Junior | - | Envigado FC | 2:1 | ||||
| 15. Jornada | 04.11.2016 | Atlético Junior | - | Millonarios | 2:1 | |
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| 19. Jornada | 06.11.2016 | Cortuluá | - | Atlético Junior | 1:2 | |
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| 12. Jornada | 10.11.2016 | Atlético Nacional | - | Atlético Junior | 2:2 | ||||
| 20. Jornada | 20.11.2016 | Atlético Junior | - | La Equidad | 2:1 |
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