| 1. Jornada | 23.08.1998 | OFI Heraklion | - | Ethnikos Piraeus | 3:0 | ||||
| 2. Jornada | 30.08.1998 | Iraklis Saloniki | - | OFI Heraklion | 3:0 | ||||
| 3. Jornada | 13.09.1998 | OFI Heraklion | - | Skoda Xanthi | 4:2 | ||||
| 5. Jornada | 26.09.1998 | OFI Heraklion | - | AEK Athen | 0:1 | ||||
| 6. Jornada | 04.10.1998 | Apollon Smyrnis | - | OFI Heraklion | 1:0 | ||||
| 7. Jornada | 25.10.1998 | OFI Heraklion | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 3:0 | ||||
| 9. Jornada | 08.11.1998 | Panionios GSS | - | OFI Heraklion | 0:1 | ||||
| 10. Jornada | 22.11.1998 | OFI Heraklion | - | Paniliakos Pyrgos | 3:1 |  |
|||
| 11. Jornada | 29.11.1998 | AO Proodeftiki | - | OFI Heraklion | 0:1 | |
|||
| 12. Jornada | 06.12.1998 | OFI Heraklion | - | Ethnikos Asteras | 1:1 | ||||
| 13. Jornada | 13.12.1998 | PAOK Saloniki | - | OFI Heraklion | 3:1 | ||||
| 14. Jornada | 20.12.1998 | OFI Heraklion | - | Ionikos Nikea | 2:1 | ||||
| 15. Jornada | 16.01.1999 | Aris Saloniki | - | OFI Heraklion | 3:1 | ||||
| 16. Jornada | 23.01.1999 | OFI Heraklion | - | AO Kavala | 4:0 |
Polonia