| 5. Jornada | 25.09.2016 | PAOK Saloniki | - | Xanthi FC | 0:0 | ||||
| 8. Jornada | 22.10.2016 | Platanias Chanion | - | Xanthi FC | 0:1 | ||||
| 9. Jornada | 29.10.2016 | Xanthi FC | - | AO Kerkyra | 0:0 | ||||
| 10. Jornada | 05.11.2016 | Levadiakos | - | Xanthi FC | 1:1 | ||||
| 12. Jornada | 27.11.2016 | Panetolikos | - | Xanthi FC | 2:3 | ||||
| 13. Jornada | 04.12.2016 | Xanthi FC | - | Asteras Tripolis | 3:1 | ||||
| 14. Jornada | 10.12.2016 | Xanthi FC | - | AE Lárissa | 1:0 | ||||
| 15. Jornada | 17.12.2016 | Veria FC | - | Xanthi FC | 0:4 | ||||
| 1. Jornada | 03.01.2017 | AEP Iraklis FC | - | Xanthi FC | 0:1 | ||||
| 2. Jornada | 08.01.2017 | Xanthi FC | - | Olympiacos | 0:2 | ||||
| 16. Jornada | 18.01.2017 | Xanthi FC | - | AEP Iraklis FC | 3:1 | ||||
| 17. Jornada | 21.01.2017 | Olympiacos | - | Xanthi FC | 2:0 |  |
|||
| 18. Jornada | 28.01.2017 | Xanthi FC | - | AEK Athen | 0:0 | ||||
| 23. Jornada | 05.03.2017 | Xanthi FC | - | Platanias Chanion | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 12.03.2017 | AO Kerkyra | - | Xanthi FC | 1:0 |  |
|||
| 26. Jornada | 01.04.2017 | PAS Giannina | - | Xanthi FC | 1:1 | |
|||
| 27. Jornada | 05.04.2017 | Xanthi FC | - | Panetolikos | 3:0 | |
|||
| 28. Jornada | 09.04.2017 | Asteras Tripolis | - | Xanthi FC | 0:0 | ||||
| 29. Jornada | 23.04.2017 | AE Lárissa | - | Xanthi FC | 1:0 | |
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