| 18. Jornada | 26.01.2003 | Wacker Burghausen | - | Eintracht Trier | 1:1 | ||||
| 19. Jornada | 02.02.2003 | Karlsruher SC | - | Wacker Burghausen | 2:1 | ||||
| 20. Jornada | 07.02.2003 | Wacker Burghausen | - | MSV Duisburg | 1:1 | ||||
| 21. Jornada | 16.02.2003 | Alemannia Aachen | - | Wacker Burghausen | 2:3 | ||||
| 22. Jornada | 23.02.2003 | Wacker Burghausen | - | Eintracht Frankfurt | 3:3 | ||||
| 24. Jornada | 09.03.2003 | Wacker Burghausen | - | VfB Lübeck | 0:0 | ||||
| 25. Jornada | 16.03.2003 | Eintracht Braunschweig | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 26. Jornada | 23.03.2003 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Union Berlin | 0:1 | ||||
| 27. Jornada | 04.04.2003 | Mainz | - | Wacker Burghausen | 2:0 | ||||
| 28. Jornada | 11.04.2003 | Wacker Burghausen | - | Waldhof Mannheim | 2:0 | ||||
| 29. Jornada | 20.04.2003 | Rot-Weiß Oberhausen | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 30. Jornada | 27.04.2003 | Wacker Burghausen | - | SSV Reutlingen | 1:0 |  |
|||
| 31. Jornada | 02.05.2003 | FC St. Pauli | - | Wacker Burghausen | 2:2 | ||||
| 32. Jornada | 11.05.2003 | Wacker Burghausen | - | SC Freiburg | 1:2 | ||||
| 33. Jornada | 18.05.2003 | SpVgg Greuther Fürth | - | Wacker Burghausen | 2:2 | ||||
| 34. Jornada | 25.05.2003 | Wacker Burghausen | - | Colonia | 2:0 |
Polonia