| Primera etapa | 07.09.1988 | Velež Mostar | - | APOEL Nikosia | 1:0 |  |
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| Primera etapa | 05.10.1988 | APOEL Nikosia | - | Velež Mostar | 2:5 | |
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| Segunda etapa | 26.10.1988 | Velež Mostar | - | Os Belenenses | 0:0 | ||||
| Segunda etapa | 09.11.1988 | Os Belenenses | - | Velež Mostar | 3:4 pn. | ||||
| Octavos de final | 23.11.1988 | Heart of Midlothian | - | Velež Mostar | 3:0 | ||||
| Octavos de final | 07.12.1988 | Velež Mostar | - | Heart of Midlothian | 2:1 |
Bosnia y Herzegovina