| 5. Jornada | 24.08.2008 | NK Varteks | - | HNK Šibenik | 2:1 | ||||
| 7. Jornada | 14.09.2008 | NK Varteks | - | NK Inter Zaprešić | 1:0 | ||||
| 11. Jornada | 19.10.2008 | NK Varteks | - | HNK Rijeka | 3:3 | ||||
| 13. Jornada | 02.11.2008 | NK Varteks | - | Hajduk Split | 0:2 | ||||
| 14. Jornada | 09.11.2008 | Slaven Belupo | - | NK Varteks | 2:3 | ||||
| 18. Jornada | 07.12.2008 | NK Inter Zaprešić | - | NK Varteks | 2:3 | ||||
| 22. Jornada | 15.03.2009 | HNK Rijeka | - | NK Varteks | 2:1 | ||||
| 31. Jornada | 17.05.2009 | HNK Cibalia | - | NK Varteks | 2:1 |  |
Croacia