Segunda etapa
02.08.2008 10:15 Nobica Boskovice - Velké Losiny 1:0
05.08.2008 17:00 SK Hranice - SK Uničov 3:5 pn.
27.08.2008 17:00 FK Sardice - FK Mutenice 0:5
17:00 FC Elseremo Brumov - Baník Ostrava 1:2
02.09.2008 17:00 Dosta Bystrc - Fotbal Fulnek 0:3
17:00 FC Hlučín - MFK Karviná 0:3
19:00 Bohemians 1905 - FC Hradec Králové 1:3
03.09.2008 17:00 SK Votice - FC Graffin Vlašim 5:4 pn.
17:00 FK Sezimovo Ústí - 1. FK Příbram 5:4 pn.
17:00 FC BULDOCI Karlovy Vary - FK Baník Sokolov 4:5 pn.
17:00 Řezuz Děčín - FK Teplice 2:3
17:00 FC Písek - FK Dukla Praha 6:5 pn.
17:00 Slavoj Vyšehrad - Viktoria Žižkov 2:1
17:00 FK OEZ Letohrad - FK Baumit Jablonec 3:4 pn.
17:00 FC Viktoria Otrokovice - Tescoma Zlín 0:3
17:00 SK Líšeň - Vysočina Jihlava 0:3
17:00 Velké Mezirící - Dynamo České Budějovice 0:4
17:00 SK Tyniste nad Orlicí - 1. FC Brno 1:4
17:00 Spartak Hulín - 1. FC Slovácko 0:1
17:00 FK Baník Most - FK Ústí nad Labem 0:3 pn.
17:00 SK Hlavice - FK Mladá Boleslav 5:4 pn.
17:00 FC Velim - Meteor Praha VIII 4:3 pn.
17:00 TJ Jiskra Domažlice - Viktoria Plzeň 0:1
17:00 SFC Opava - 1. HFK Olomouc 5:4 pn.
17:00 FK Fotbal Třinec - Sigma Olomouc 0:4
17:00 FK Králův Dvůr - Bohemians Praha 0:3
17:00 Olympia Hradec Králové - FK Kolín 6:5 pn.
17:00 Fotbal Frýdek-Místek - FC Vítkovice 4:2
17:00 TJ Dvůr Králové - Sparta Praga 0:3
04.09.2008 17:00 SK Rakovník - Slavia Praga 0:7
17:00 FK Pěnčín-Turnov - Slovan Liberec 0:3
09.09.2008 17:00 FK Hořovicko - SK Kladno 1:2
Tercera ronda
23.09.2008 16:30 Fotbal Fulnek - Viktoria Plzeň 0:2
24.09.2008 16:30 FK Ústí nad Labem - SK Kladno 1:2
16:30 SK Uničov - FK Baumit Jablonec 0:2
16:30 FK Mutenice - Dynamo České Budějovice 4:0
16:30 SFC Opava - Slovan Liberec 3:5 pn.
16:30 MFK Karviná - Sigma Olomouc 0:2
16:30 Nobica Boskovice - Baník Ostrava 0:7
16:30 Olympia Hradec Králové - Bohemians Praha 1:5
16:30 FK Sezimovo Ústí - FK Baník Sokolov 2:0
16:45 FC Velim - SK Hlavice 2:4 pn.
25.09.2008 16:30 SK Votice - Slavia Praga 1:2
16:30 Fotbal Frýdek-Místek - Sparta Praga 1:4 pn.
30.09.2008 16:30 Slavoj Vyšehrad - FC Hradec Králové 0:2
01.10.2008 16:00 FC Písek - FK Teplice 1:4
18:00 1. FC Slovácko - 1. FC Brno 4:3 pn.
07.10.2008 17:00 Vysočina Jihlava - Tescoma Zlín 2:4 pn.
Octavos de final
22.10.2008 15:30 FK Sezimovo Ústí - Slavia Praga 0:4
28.10.2008 18:00 Slovan Liberec - Sigma Olomouc 0:2
29.10.2008 14:30 SK Hlavice - Viktoria Plzeň 1:7
17:00 FK Baumit Jablonec - Tescoma Zlín 1:2
17:00 1. FC Slovácko - SK Kladno 8:7 pn.
17:00 Sparta Praga - Bohemians Praha 2:0
17:00 FC Hradec Králové - FK Teplice 0:1
30.10.2008 14:30 FK Mutenice - Baník Ostrava 0:3
Cuartos de final
08.04.2009 18:00 Tescoma Zlín - Slavia Praga 0:0
18:00 1. FC Slovácko - Baník Ostrava 1:0
09.04.2009 17:30 FK Teplice - Slovan Liberec 0:0
18:00 Sparta Praga - Viktoria Plzeň 0:0
22.04.2009 17:00 Baník Ostrava - 1. FC Slovácko 1:1
17:30 Viktoria Plzeň - Sparta Praga 0:3
18:00 Slovan Liberec - FK Teplice 0:2
23.04.2009 18:00 Slavia Praga - Tescoma Zlín 3:0
Semifinales
06.05.2009 18:30 Slavia Praga - 1. FC Slovácko 0:1
07.05.2009 18:00 Sparta Praga - FK Teplice 1:0
13.05.2009 18:00 FK Teplice - Sparta Praga 5:4 pn.
18:30 1. FC Slovácko - Slavia Praga 2:1
Final
27.05.2009 17:00 1. FC Slovácko - FK Teplice 0:1
Pohár FAČR
Pohár FAČR