| 19. Jornada | 28.07.2016 | FK Trakai | - | Utenis Utena | 4:3 | ||||
| 20. Jornada | 03.08.2016 | FK Jonava | - | FK Trakai | 1:1 |  |
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| 21. Jornada | 10.08.2016 | FK Trakai | - | FK Atlantas | 3:0 | ||||
| 23. Jornada | 25.08.2016 | FK Trakai | - | Kauno Žalgiris | 3:0 | ||||
| 24. Jornada | 07.09.2016 | FC Stumbras | - | FK Trakai | 1:4 | ||||
| 25. Jornada | 14.09.2016 | FK Trakai | - | FK Sūduva | 2:0 | ||||
| 27. Jornada | 02.10.2016 | FK Trakai | - | FK Jonava | 0:2 | ||||
| 28. Jornada | 16.10.2016 | FK Atlantas | - | FK Trakai | 0:1 |
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