| 3. Jornada | 11.09.2016 | PAOK Saloniki | - | Panetolikos | 2:1 |  |
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| 4. Jornada | 18.09.2016 | Atromitos | - | Panetolikos | 0:2 | |
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| 5. Jornada | 24.09.2016 | Panetolikos | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 6. Jornada | 02.10.2016 | Platanias Chanion | - | Panetolikos | 0:0 | |
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| 7. Jornada | 15.10.2016 | Panetolikos | - | AO Kerkyra | 4:0 | ||||
| 8. Jornada | 23.10.2016 | Levadiakos | - | Panetolikos | 2:1 | ||||
| 9. Jornada | 31.10.2016 | Panetolikos | - | PAS Giannina | 1:2 | ||||
| 10. Jornada | 06.11.2016 | Panetolikos | - | AE Lárissa | 2:1 | |
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| 12. Jornada | 27.11.2016 | Panetolikos | - | Xanthi FC | 2:3 | |
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| 13. Jornada | 03.12.2016 | Veria FC | - | Panetolikos | 1:1 | ||||
| 14. Jornada | 11.12.2016 | Panetolikos | - | AEP Iraklis FC | 2:0 | ||||
| 15. Jornada | 18.12.2016 | Olympiacos | - | Panetolikos | 3:1 |
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