| 4. Jornada | 08.04.2006 | CSKA Moscú | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | ||||
| 5. Jornada | 16.04.2006 | FK Tom Tomsk | - | FK Saturn | 0:0 | ||||
| 7. Jornada | 30.04.2006 | FK Tom Tomsk | - | FK Rostov | 3:1 | ||||
| 8. Jornada | 06.05.2006 | Krylia Sovetov | - | FK Tom Tomsk | 2:1 |  |
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| 9. Jornada | 13.05.2006 | FK Tom Tomsk | - | Luch-Energiya Vladivostok | 2:1 | |
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| 28. Jornada | 07.07.2006 | Rubin Kazan | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | ||||
| 10. Jornada | 12.07.2006 | Spartak Nalchik | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 11. Jornada | 16.07.2006 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Moskva | 2:2 | ||||
| 19. Jornada | 17.09.2006 | FK Tom Tomsk | - | CSKA Moscú | 0:1 |
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