| 1. Jornada | 08.09.2016 | FK Vllaznia | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
| 2. Jornada | 12.09.2016 | FK Kukësi | - | KF Teuta Durrës | 3:0 |  |
|||
| 3. Jornada | 17.09.2016 | KF Tiranë | - | FK Kukësi | 2:2 |  |
|||
| 4. Jornada | 24.09.2016 | KF Laçi | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
| 5. Jornada | 01.10.2016 | FK Kukësi | - | FK Partizani | 1:0 | ||||
| 6. Jornada | 12.10.2016 | Flamurtari Vlorë | - | FK Kukësi | 1:1 | ||||
| 7. Jornada | 16.10.2016 | FK Kukësi | - | KS Korabi Peshkopi | 2:0 | ||||
| 8. Jornada | 22.10.2016 | KF Skënderbeu | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
| 9. Jornada | 29.10.2016 | FK Kukësi | - | Luftëtari Gjirokastër | 1:0 | |
|||
| 11. Jornada | 21.11.2016 | KF Teuta Durrës | - | FK Kukësi | 1:2 | ||||
| 13. Jornada | 30.11.2016 | FK Kukësi | - | KF Laçi | 2:0 | ||||
| 14. Jornada | 06.12.2016 | FK Partizani | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
| 15. Jornada | 10.12.2016 | FK Kukësi | - | Flamurtari Vlorë | 1:0 | ||||
| 17. Jornada | 18.12.2016 | FK Kukësi | - | KF Skënderbeu | 2:0 | ||||
| 18. Jornada | 22.12.2016 | Luftëtari Gjirokastër | - | FK Kukësi | 2:2 | ||||
| 30. Jornada | 23.04.2017 | FK Kukësi | - | KF Tiranë | 4:1 | ||||
| 34. Jornada | 15.05.2017 | KS Korabi Peshkopi | - | FK Kukësi | 1:3 |
Albania