| 2. Jornada | 09.08.2003 | FC St. Pauli | - | Preußen Münster | 1:1 | ||||
| 3. Jornada | 17.08.2003 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 2:2 | ||||
| 4. Jornada | 23.08.2003 | Wuppertaler SV | - | FC St. Pauli | 3:0 |  |
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| 5. Jornada | 26.08.2003 | FC St. Pauli | - | Hamburgo II | 3:0 |  |
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| 6. Jornada | 06.09.2003 | Holstein Kiel | - | FC St. Pauli | 0:5 | ||||
| 7. Jornada | 13.09.2003 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiss Essen | 1:2 | |
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| 8. Jornada | 20.09.2003 | Chemnitzer FC | - | FC St. Pauli | 1:2 | |
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| 9. Jornada | 27.09.2003 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 2:0 | ||||
| 11. Jornada | 10.10.2003 | FC St. Pauli | - | Borussia Dortmund II | 1:1 |  |
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| 12. Jornada | 19.10.2003 | Sachsen Leipzig | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 15. Jornada | 07.11.2003 | FC St. Pauli | - | VfR Neumünster | 1:1 | |
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| 17. Jornada | 22.11.2003 | FC St. Pauli | - | Eintracht Braunschweig | 1:0 | ||||
| 18. Jornada | 28.11.2003 | FC St. Pauli | - | SG Wattenscheid 09 | 2:2 | |
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| 19. Jornada | 06.12.2003 | Preußen Münster | - | FC St. Pauli | 2:0 |
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