| 19. Jornada | 08.02.2009 | Mainz | - | TSV 1860 München | 2:2 |  |
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| 20. Jornada | 15.02.2009 | VfL Osnabrück | - | Mainz | 1:3 |  |
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| 21. Jornada | 20.02.2009 | Mainz | - | Hansa Rostock | 3:1 | ||||
| 22. Jornada | 27.02.2009 | 1. FC Nürnberg | - | Mainz | 0:0 | ||||
| 25. Jornada | 22.03.2009 | Mainz | - | Alemannia Aachen | 1:4 | ||||
| 26. Jornada | 03.04.2009 | MSV Duisburg | - | Mainz | 0:1 | ||||
| 27. Jornada | 13.04.2009 | Mainz | - | SC Freiburg | 1:2 | ||||
| 28. Jornada | 17.04.2009 | Mainz | - | Rot Weiss Ahlen | 0:0 | ||||
| 29. Jornada | 26.04.2009 | Ingolstadt | - | Mainz | 3:4 | ||||
| 31. Jornada | 10.05.2009 | FC St. Pauli | - | Mainz | 2:0 | ||||
| 32. Jornada | 13.05.2009 | Mainz | - | FSV Frankfurt | 2:1 |
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