| 19. Jornada | 20.02.2000 | Mainz | - | Fortuna Köln | 0:0 | ||||
| 20. Jornada | 27.02.2000 | Fortuna Köln | - | 1. FC Nürnberg | 1:1 | ||||
| 22. Jornada | 12.03.2000 | Fortuna Köln | - | Hannover | 1:1 | ||||
| 23. Jornada | 19.03.2000 | Karlsruher SC | - | Fortuna Köln | 2:1 | ||||
| 24. Jornada | 26.03.2000 | Fortuna Köln | - | Alemannia Aachen | 0:0 | ||||
| 25. Jornada | 02.04.2000 | FC St. Pauli | - | Fortuna Köln | 0:0 | ||||
| 30. Jornada | 06.05.2000 | Fortuna Köln | - | VfL Bochum | 2:3 |  |
|||
| 31. Jornada | 12.05.2000 | TeBe Berlin | - | Fortuna Köln | 1:2 | |
|||
| 32. Jornada | 18.05.2000 | Fortuna Köln | - | Bor. Mönchengladbach | 1:2 | ||||
| 33. Jornada | 21.05.2000 | Waldhof Mannheim | - | Fortuna Köln | 1:3 | ||||
| 34. Jornada | 26.05.2000 | Fortuna Köln | - | Kickers Offenbach | 4:1 | |
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