| 17. Jornada | 21.01.2017 | Panionios GSS | - | Panetolikos | 2:0 | ||||
| 18. Jornada | 29.01.2017 | Panetolikos | - | PAOK Saloniki | 0:1 | ||||
| 19. Jornada | 04.02.2017 | Panetolikos | - | Atromitos | 2:0 | ||||
| 20. Jornada | 12.02.2017 | Panathinaikos | - | Panetolikos | 4:0 | ||||
| 21. Jornada | 19.02.2017 | Panetolikos | - | Platanias Chanion | 1:2 | ||||
| 22. Jornada | 25.02.2017 | AO Kerkyra | - | Panetolikos | 0:0 | ||||
| 23. Jornada | 04.03.2017 | Panetolikos | - | Levadiakos | 2:0 | ||||
| 24. Jornada | 11.03.2017 | PAS Giannina | - | Panetolikos | 0:0 | ||||
| 25. Jornada | 18.03.2017 | AE Lárissa | - | Panetolikos | 1:0 |  |
|||
| 26. Jornada | 02.04.2017 | Panetolikos | - | Asteras Tripolis | 1:1 | ||||
| 27. Jornada | 05.04.2017 | Xanthi FC | - | Panetolikos | 3:0 | |
|||
| 28. Jornada | 09.04.2017 | Panetolikos | - | Veria FC | 1:0 | ||||
| 29. Jornada | 23.04.2017 | AEP Iraklis FC | - | Panetolikos | 2:1 | |
|||
| 30. Jornada | 30.04.2017 | Panetolikos | - | Olympiacos | 0:2 |
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