| 18. Jornada | 08.02.1999 | Olympiacos | - | Apollon Smyrnis | 0:0 | ||||
| 19. Jornada | 14.02.1999 | Apollon Smyrnis | - | AEK Athen | 1:1 | ||||
| 20. Jornada | 21.02.1999 | Apollon Smyrnis | - | Panionios GSS | 0:0 | ||||
| 21. Jornada | 28.02.1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Apollon Smyrnis | 1:0 | ||||
| 22. Jornada | 06.03.1999 | Apollon Smyrnis | - | Veria FC | 2:0 | ||||
| 23. Jornada | 14.03.1999 | OFI Heraklion | - | Apollon Smyrnis | 0:1 |  |
|||
| 24. Jornada | 21.03.1999 | Apollon Smyrnis | - | Paniliakos Pyrgos | 5:0 |  |
|||
| 26. Jornada | 17.04.1999 | Apollon Smyrnis | - | Ethnikos Asteras | 2:2 |  |
|||
| 28. Jornada | 02.05.1999 | Apollon Smyrnis | - | Ionikos Nikea | 1:1 | ||||
| 29. Jornada | 09.05.1999 | Aris Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 2:1 | ||||
| 30. Jornada | 12.05.1999 | AO Kavala | - | Apollon Smyrnis | 0:1 | ||||
| 31. Jornada | 16.05.1999 | Apollon Smyrnis | - | Panathinaikos | 1:3 | ||||
| 32. Jornada | 20.05.1999 | Ethnikos Piraeus | - | Apollon Smyrnis | 2:3 | |
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Albania