| 7. Jornada | 25.10.1998 | Paniliakos Pyrgos | - | Apollon Smyrnis | 3:1 | ||||
| 10. Jornada | 22.11.1998 | Apollon Smyrnis | - | PAOK Saloniki | 1:4 | ||||
| 11. Jornada | 29.11.1998 | Ionikos Nikea | - | Apollon Smyrnis | 3:0 | ||||
| 12. Jornada | 06.12.1998 | Apollon Smyrnis | - | Aris Saloniki | 1:3 | ||||
| 13. Jornada | 13.12.1998 | Apollon Smyrnis | - | AO Kavala | 1:1 | ||||
| 16. Jornada | 23.01.1999 | Iraklis Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 2:0 | ||||
| 20. Jornada | 21.02.1999 | Apollon Smyrnis | - | Panionios GSS | 0:0 | ||||
| 21. Jornada | 28.02.1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Apollon Smyrnis | 1:0 | ||||
| 23. Jornada | 14.03.1999 | OFI Heraklion | - | Apollon Smyrnis | 0:1 | ||||
| 24. Jornada | 21.03.1999 | Apollon Smyrnis | - | Paniliakos Pyrgos | 5:0 | ||||
| 25. Jornada | 28.03.1999 | AO Proodeftiki | - | Apollon Smyrnis | 0:1 | ||||
| 26. Jornada | 17.04.1999 | Apollon Smyrnis | - | Ethnikos Asteras | 2:2 |
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