| 18. Jornada | 23.01.1999 | FC Carl Zeiss Jena | - | FC Berlin | 1:0 | ||||
| 19. Jornada | 30.01.1999 | FC Berlin | - | Erzgebirge Aue | 2:0 |  |
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| 21. Jornada | 13.02.1999 | FC Berlin | - | Spandauer SV | 1:0 | |
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| 23. Jornada | 27.02.1999 | FC Berlin | - | Stahl Eisenhüttenstadt | 6:1 | |
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| 24. Jornada | 06.03.1999 | SV Babelsberg 03 | - | FC Berlin | 0:0 | ||||
| 20. Jornada | 10.03.1999 | FSV Zwickau | - | FC Berlin | 3:2 | ||||
| 22. Jornada | 17.03.1999 | SD Croatia Berlin | - | FC Berlin | 0:1 | |
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| 25. Jornada | 20.03.1999 | FC Berlin | - | Sachsen Leipzig | 1:1 | ||||
| 26. Jornada | 27.03.1999 | VfB Leipzig | - | FC Berlin | 0:0 | ||||
| 27. Jornada | 02.04.1999 | FC Berlin | - | Dynamo Dresden | 2:1 | ||||
| 28. Jornada | 05.04.1999 | VFC Plauen | - | FC Berlin | 2:0 | ||||
| 29. Jornada | 10.04.1999 | FC Berlin | - | Chemnitzer FC | 0:2 |
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