| Primera etapa | 14.09.2006 | FC Sion | - | Bayer Leverkusen | 0:0 | ||||
| Primera etapa | 28.09.2006 | Bayer Leverkusen | - | FC Sion | 3:1 |  |
|||
| Grupo B | 19.10.2006 | Club Brugge KV | - | Bayer Leverkusen | 1:1 | ||||
| Grupo B | 29.11.2006 | Dinamo Bucureşti | - | Bayer Leverkusen | 2:1 | |
|||
| Grupo B | 14.12.2006 | Bayer Leverkusen | - | Beşiktaş | 2:1 | ||||
| Tercera ronda | 14.02.2007 | Bayer Leverkusen | - | Blackburn Rovers | 3:2 | ||||
| Tercera ronda | 22.02.2007 | Blackburn Rovers | - | Bayer Leverkusen | 0:0 | ||||
| Octavos de final | 08.03.2007 | RC Lens | - | Bayer Leverkusen | 2:1 | ||||
| Octavos de final | 14.03.2007 | Bayer Leverkusen | - | RC Lens | 3:0 | ||||
| Cuartos de final | 05.04.2007 | Bayer Leverkusen | - | Osasuna | 0:3 | ||||
| Cuartos de final | 12.04.2007 | Osasuna | - | Bayer Leverkusen | 1:0 |
Croacia