| 2. Jornada | 18.08.2012 | CD Trofense | - | Portimonense SC | 2:1 | ||||
| 3. Jornada | 22.08.2012 | CD Tondela | - | CD Trofense | 1:2 |  |
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| 4. Jornada | 26.08.2012 | CD Trofense | - | Leixões SC | 0:1 | ||||
| 5. Jornada | 02.09.2012 | FC Penafiel | - | CD Trofense | 1:1 | |
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| 6. Jornada | 16.09.2012 | CD Trofense | - | Vitória Guimarães B | 0:0 | ||||
| 7. Jornada | 23.09.2012 | Sporting CP B | - | CD Trofense | 1:1 | ||||
| 8. Jornada | 30.09.2012 | CD Trofense | - | Sporting Covilhã | 1:1 | ||||
| 9. Jornada | 07.10.2012 | Atlético CP | - | CD Trofense | 2:1 | ||||
| 11. Jornada | 28.10.2012 | FC Arouca | - | CD Trofense | 4:0 | ||||
| 12. Jornada | 04.11.2012 | CD Trofense | - | UD Oliveirense | 1:1 | ||||
| 13. Jornada | 11.11.2012 | CD Trofense | - | SC Freamunde | 2:0 | ||||
| 14. Jornada | 24.11.2012 | Oporto B | - | CD Trofense | 1:0 | ||||
| 15. Jornada | 28.11.2012 | CD Trofense | - | CD Santa Clara | 1:3 | |
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| 16. Jornada | 02.12.2012 | Sporting Braga B | - | CD Trofense | 2:0 | ||||
| 26. Jornada | 03.02.2013 | CD Trofense | - | FC Penafiel | 1:0 | ||||
| 37. Jornada | 21.04.2013 | CD Trofense | - | Sporting Braga B | 3:0 | |
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| 41. Jornada | 12.05.2013 | CD Trofense | - | Os Belenenses | 1:2 | |
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