| Grupo A | 22.08.2016 | Defensor La Bocana | - | Deportivo Municipal | 1:2 |  |
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| Grupo A | 25.08.2016 | Deportivo Municipal | - | Juan Aurich | 1:4 | |
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| Grupo A | 11.09.2016 | FBC Melgar | - | Deportivo Municipal | 2:1 | ||||
| Grupo A | 17.09.2016 | Deportivo Municipal | - | César Vallejo | 2:1 | ||||
| Grupo A | 27.09.2016 | Sporting Cristal | - | Deportivo Municipal | 0:2 | |
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| Grupo A | 20.10.2016 | Deportivo Municipal | - | Defensor La Bocana | 2:2 | ||||
| Grupo A | 23.10.2016 | Juan Aurich | - | Deportivo Municipal | 0:2 | |
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| Grupo A | 29.10.2016 | Deportivo Municipal | - | FBC Melgar | 0:0 | ||||
| Grupo A | 04.11.2016 | César Vallejo | - | Deportivo Municipal | 3:0 | ||||
| Grupo A | 19.11.2016 | Deportivo Municipal | - | Unión Comercio | 2:0 | |
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| Grupo A | 24.11.2016 | Deportivo Municipal | - | Sporting Cristal | 1:3 |
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