| 18. Jornada | 21.01.2007 | Karlsruher SC | - | Wacker Burghausen | 2:1 | ||||
| 20. Jornada | 05.02.2007 | TSV 1860 München | - | Wacker Burghausen | 5:1 |  |
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| 21. Jornada | 11.02.2007 | Wacker Burghausen | - | TuS Koblenz | 0:0 | ||||
| 23. Jornada | 25.02.2007 | Wacker Burghausen | - | SpVgg Greuther Fürth | 3:4 | |
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| 24. Jornada | 04.03.2007 | Hansa Rostock | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 25. Jornada | 09.03.2007 | Wacker Burghausen | - | SC Freiburg | 2:2 | ||||
| 26. Jornada | 18.03.2007 | MSV Duisburg | - | Wacker Burghausen | 3:4 | ||||
| 27. Jornada | 30.03.2007 | Wacker Burghausen | - | SpVgg Unterhaching | 4:1 | ||||
| 28. Jornada | 08.04.2007 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Kaiserslautern | 0:0 | ||||
| 29. Jornada | 15.04.2007 | Kickers Offenbach | - | Wacker Burghausen | 2:1 | ||||
| 30. Jornada | 22.04.2007 | Wacker Burghausen | - | Augsburgo | 0:2 | ||||
| 31. Jornada | 27.04.2007 | Eintracht Braunschweig | - | Wacker Burghausen | 3:1 | ||||
| 32. Jornada | 06.05.2007 | Wacker Burghausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | |
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| 33. Jornada | 13.05.2007 | Rot-Weiss Essen | - | Wacker Burghausen | 1:1 |  |
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| 34. Jornada | 20.05.2007 | Wacker Burghausen | - | SC Paderborn 07 | 5:1 |
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