| Grupo G | 04.10.2012 | Basilea | - | KRC Genk | 2:2 |  |
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| Grupo G | 08.11.2012 | Basilea | - | Videoton FC | 1:0 | ||||
| Grupo G | 22.11.2012 | Basilea | - | Sporting CP | 3:0 | ||||
| Grupo G | 06.12.2012 | KRC Genk | - | Basilea | 0:0 | |
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| Segunda etapa | 14.02.2013 | Basilea | - | Dnipro Dnipropetrovsk | 2:0 | |
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| Octavos de final | 07.03.2013 | Basilea | - | Zenit | 2:0 | |
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| Octavos de final | 14.03.2013 | Zenit | - | Basilea | 1:0 | |
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| Cuartos de final | 11.04.2013 | Basilea | - | Tottenham Hotspur | 4:1 pn. | ||||
| Semifinales | 25.04.2013 | Basilea | - | Chelsea | 1:2 |
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