| 21. Jornada | 23.02.2013 | FC Chiasso | - | FC Aarau | 2:1 | ||||
| 22. Jornada | 04.03.2013 | FC Aarau | - | FC Winterthur | 3:1 |  |
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| 23. Jornada | 11.03.2013 | FC Aarau | - | AC Bellinzona | 0:1 | ||||
| 25. Jornada | 01.04.2013 | FC Wohlen | - | FC Aarau | 1:3 | ||||
| 27. Jornada | 13.04.2013 | FC Biel/Bienne | - | FC Aarau | 0:2 | ||||
| 28. Jornada | 22.04.2013 | FC Aarau | - | FC Lugano | 3:2 | ||||
| 29. Jornada | 29.04.2013 | FC Winterthur | - | FC Aarau | 1:0 | ||||
| 30. Jornada | 04.05.2013 | FC Vaduz | - | FC Aarau | 1:3 | ||||
| 31. Jornada | 09.05.2013 | FC Aarau | - | FC Biel/Bienne | 6:0 | |
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| 32. Jornada | 13.05.2013 | FC Aarau | - | FC Locarno | 3:0 | |
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| 33. Jornada | 17.05.2013 | FC Wil 1900 | - | FC Aarau | 0:1 | |
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| 34. Jornada | 25.05.2013 | FC Aarau | - | FC Chiasso | 1:0 | ||||
| 35. Jornada | 30.05.2013 | AC Bellinzona | - | FC Aarau | 2:2 | |
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| 36. Jornada | 02.06.2013 | FC Aarau | - | FC Wohlen | 3:3 |
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