| 1. Jornada | 23.07.2012 | FK Krasnodar | - | Rubin Kazan | 2:1 | ||||
| 2. Jornada | 30.07.2012 | Terek Grozny | - | FK Krasnodar | 1:0 | ||||
| 3. Jornada | 04.08.2012 | FK Krasnodar | - | Lokomotiv Moskva | 3:1 |  |
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| 4. Jornada | 10.08.2012 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | FK Krasnodar | 2:1 | ||||
| 5. Jornada | 18.08.2012 | FK Krasnodar | - | FK Rostov | 0:0 | ||||
| 6. Jornada | 26.08.2012 | FK Amkar Perm | - | FK Krasnodar | 2:2 | ||||
| 7. Jornada | 02.09.2012 | FK Krasnodar | - | CSKA Moscú | 0:1 | ||||
| 8. Jornada | 16.09.2012 | Anzhi Makhachkala | - | FK Krasnodar | 5:2 | ||||
| 9. Jornada | 21.09.2012 | FK Krasnodar | - | Mordovia Saransk | 6:1 | ||||
| 15. Jornada | 11.11.2012 | Spartak Moskva | - | FK Krasnodar | 2:0 | ||||
| 22. Jornada | 31.03.2013 | FK Krasnodar | - | Anzhi Makhachkala | 4:0 | ||||
| 25. Jornada | 21.04.2013 | Zenit | - | FK Krasnodar | 1:0 | |
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| 26. Jornada | 29.04.2013 | Spartak Vladikavkaz | - | FK Krasnodar | 2:3 |  |
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| 28. Jornada | 11.05.2013 | Dinamo Moskva | - | FK Krasnodar | 1:1 | |
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| 29. Jornada | 18.05.2013 | FK Krasnodar | - | Spartak Moskva | 0:1 | |
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