| 2. Jornada | 12.09.1998 | Villarreal | - | Celta | 1:1 | ||||
| 8. Jornada | 01.11.1998 | Villarreal | - | Tenerife | 2:5 | ||||
| 11. Jornada | 22.11.1998 | Deportivo | - | Villarreal | 2:1 | ||||
| 13. Jornada | 06.12.1998 | Villarreal | - | Valladolid | 2:1 | ||||
| 15. Jornada | 20.12.1998 | Villarreal | - | Athletic | 0:1 | ||||
| 18. Jornada | 17.01.1999 | Real Racing | - | Villarreal | 1:2 |  |
|||
| 19. Jornada | 24.01.1999 | Villarreal | - | CF Extremadura | 1:1 | ||||
| 20. Jornada | 30.01.1999 | Villarreal | - | Real Madrid | 0:2 | ||||
| 21. Jornada | 07.02.1999 | Celta | - | Villarreal | 4:1 | ||||
| 22. Jornada | 14.02.1999 | Villarreal | - | Valencia | 1:0 | ||||
| 23. Jornada | 21.02.1999 | UD Salamanca | - | Villarreal | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 28.02.1999 | Villarreal | - | Espanyol | 2:2 | ||||
| 26. Jornada | 14.03.1999 | Villarreal | - | Real Oviedo | 0:0 | ||||
| 28. Jornada | 04.04.1999 | Villarreal | - | Mallorca | 0:2 | ||||
| 30. Jornada | 18.04.1999 | Villarreal | - | Deportivo | 1:2 | ||||
| 32. Jornada | 02.05.1999 | Valladolid | - | Villarreal | 1:0 | ||||
| 33. Jornada | 09.05.1999 | Villarreal | - | Barcelona | 2:3 | ||||
| 37. Jornada | 13.06.1999 | Villarreal | - | Real Racing | 3:0 | ||||
| 38. Jornada | 20.06.1999 | CF Extremadura | - | Villarreal | 2:2 |  |
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