| 4. Jornada | 11.09.2016 | Lorca FC | - | UD Melilla | 0:2 |  |
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| 8. Jornada | 08.10.2016 | UD Melilla | - | FC Cartagena | 1:1 | |
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| 10. Jornada | 23.10.2016 | UD Melilla | - | Real Jaén | 2:1 | ||||
| 11. Jornada | 30.10.2016 | Atlético Sanluqueño CF | - | UD Melilla | 1:2 | ||||
| 12. Jornada | 02.11.2016 | UD Melilla | - | Extremadura UD | 0:1 | ||||
| 13. Jornada | 06.11.2016 | CF Villanovense | - | UD Melilla | 3:1 | ||||
| 14. Jornada | 13.11.2016 | UD Melilla | - | FC Jumilla | 0:0 | ||||
| 15. Jornada | 20.11.2016 | RB Linense | - | UD Melilla | 2:1 | ||||
| 16. Jornada | 27.11.2016 | UD Melilla | - | RC Recreativo | 0:0 | ||||
| 17. Jornada | 04.12.2016 | Linares Deportivo | - | UD Melilla | 1:2 | ||||
| 18. Jornada | 11.12.2016 | UD Melilla | - | Córdoba B | 2:1 | ||||
| 25. Jornada | 12.02.2017 | Granada B | - | UD Melilla | 1:1 | ||||
| 30. Jornada | 19.03.2017 | UD Melilla | - | Atlético Sanluqueño CF | 1:0 | ||||
| 38. Jornada | 14.05.2017 | UD Melilla | - | Atlético Mancha Real | 1:2 |
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