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| 03.10.1999 | 12:30 | FK Nevėžis | - | FK Zalgiris | 0:1 | |
| 12:30 | Inkaras Kaunas | - | FK Ekranas | 1:1 | ||
| 12:30 | FK Dainava Alytus | - | Ardena Vilnius | 1:3 | ||
| 12:30 | FK Banga Gargždai | - | FK Kareda Siauliai | 0:4 | ||
| 12:30 | FK Atlantas | - | Zalgiris Kaunas | 2:2 |
| » Clasificación | En casa | Fuera de casa | 1.ª vuelta | 2.ª vuelta |
| # | Equipo | P | V | E | D | Goles | DG | Pun. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Zalgiris Kaunas | 17 | 11 | 5 | 1 | 30:10 | 20 | 38 |
| 2 |
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FK Zalgiris | 17 | 9 | 6 | 2 | 29:9 | 20 | 33 |
| 3 |
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FK Atlantas | 17 | 8 | 6 | 3 | 32:23 | 9 | 30 |
| 4 |
|
FK Ekranas | 17 | 7 | 8 | 2 | 21:9 | 12 | 29 |
| 5 |
|
FK Kareda Siauliai | 17 | 8 | 3 | 6 | 28:17 | 11 | 27 |
| 6 |
|
Inkaras Kaunas | 17 | 7 | 5 | 5 | 22:17 | 5 | 26 |
| 7 |
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FK Nevėžis | 17 | 3 | 7 | 7 | 9:19 | -10 | 16 |
| 8 |
|
FK Banga Gargždai | 17 | 1 | 7 | 9 | 12:34 | -22 | 12 |
| 9 |
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Ardena Vilnius | 17 | 2 | 6 | 9 | 9:23 | -14 | 11 |
| 10 |
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FK Dainava Alytus | 17 | 1 | 3 | 13 | 9:40 | -31 | 6 |
