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| 01.08.1999 | 17:30 | Inkaras Kaunas | - | FK Zalgiris | 1:1 | |
| 17:30 | FK Ekranas | - | FK Kareda Siauliai | 1:0 | ||
| 17:30 | FK Banga Gargždai | - | FK Nevėžis | 1:1 | ||
| 17:30 | FK Atlantas | - | FK Dainava Alytus | 5:0 | ||
| 22.09.1999 | 15:00 | Zalgiris Kaunas | - | Ardena Vilnius | 0:0 |
| » Clasificación | En casa | Fuera de casa | 1.ª vuelta | 2.ª vuelta |
| # | Equipo | P | V | E | D | Goles | DG | Pun. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FK Atlantas | 5 | 3 | 2 | 0 | 14:3 | 11 | 11 |
| 2 |
|
Inkaras Kaunas | 5 | 3 | 2 | 0 | 6:2 | 4 | 11 |
| 3 |
|
Zalgiris Kaunas | 5 | 3 | 1 | 1 | 6:3 | 3 | 10 |
| 4 |
|
FK Kareda Siauliai | 5 | 3 | 0 | 2 | 8:6 | 2 | 9 |
| 5 |
|
FK Ekranas | 5 | 2 | 2 | 1 | 8:5 | 3 | 8 |
| 6 |
|
FK Zalgiris | 5 | 2 | 1 | 2 | 8:6 | 2 | 7 |
| 7 |
|
FK Banga Gargždai | 5 | 0 | 4 | 1 | 5:6 | -1 | 6 |
| 8 |
|
FK Nevėžis | 5 | 1 | 2 | 2 | 3:7 | -4 | 5 |
| 9 |
|
Ardena Vilnius | 5 | 0 | 2 | 3 | 2:8 | -6 | 1 |
| 10 |
|
FK Dainava Alytus | 5 | 0 | 0 | 5 | 1:15 | -14 | 0 |
