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| 01.08.1999 | 17:00 | FK Nevėžis | - | FK Dainava Alytus | 2:0 | |
| 17:00 | FK Ekranas | - | Ardena Vilnius | 1:0 | ||
| 17:30 | Inkaras Kaunas | - | Zalgiris Kaunas | 1:4 | ||
| 17:30 | FK Banga Gargždai | - | FK Zalgiris | 1:3 | ||
| 13.10.1999 | 14:30 | FK Atlantas | - | FK Kareda Siauliai | 3:2 |
| » Clasificación | En casa | Fuera de casa | 1.ª vuelta | 2.ª vuelta |
| # | Equipo | P | V | E | D | Goles | DG | Pun. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Zalgiris Kaunas | 7 | 5 | 1 | 1 | 12:4 | 8 | 16 |
| 2 |
|
FK Atlantas | 7 | 4 | 2 | 1 | 17:10 | 7 | 14 |
| 3 |
|
FK Zalgiris | 7 | 4 | 1 | 2 | 16:7 | 9 | 13 |
| 4 |
|
Inkaras Kaunas | 7 | 3 | 3 | 1 | 8:7 | 1 | 12 |
| 5 |
|
FK Ekranas | 7 | 3 | 2 | 2 | 9:7 | 2 | 11 |
| 6 |
|
FK Nevėžis | 7 | 3 | 2 | 2 | 6:7 | -1 | 11 |
| 7 |
|
FK Kareda Siauliai | 7 | 3 | 1 | 3 | 11:10 | 1 | 10 |
| 8 |
|
FK Banga Gargždai | 7 | 0 | 5 | 2 | 8:11 | -3 | 7 |
| 9 |
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Ardena Vilnius | 7 | 0 | 2 | 5 | 2:10 | -8 | 1 |
| 10 |
|
FK Dainava Alytus | 7 | 0 | 1 | 6 | 3:19 | -16 | 1 |
