| 25. Jornada | 08.03.2017 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | FK Khimki | 2:1 | ||||
| 26. Jornada | 12.03.2017 | FK Khimki | - | Fakel Voronezh | 0:0 |  |
|||
| 28. Jornada | 26.03.2017 | FK Khimki | - | Shinnik Yaroslavl | 3:0 | ||||
| 29. Jornada | 01.04.2017 | FK Tyumen | - | FK Khimki | 1:1 | ||||
| 30. Jornada | 08.04.2017 | FK Khimki | - | Enisey Krasnoyarsk | 2:2 | ||||
| 31. Jornada | 12.04.2017 | Dinamo Moskva | - | FK Khimki | 0:0 | ||||
| 32. Jornada | 17.04.2017 | FK Khimki | - | Baltika Kaliningrad | 1:0 | ||||
| 33. Jornada | 23.04.2017 | Zenit 2 | - | FK Khimki | 1:3 | ||||
| 34. Jornada | 29.04.2017 | FK Khimki | - | Volgar Astrakhan | 1:1 | ||||
| 37. Jornada | 14.05.2017 | Spartak Moskva 2 | - | FK Khimki | 4:0 | ||||
| 27. Jornada | 17.05.2017 | Sokol Saratov | - | FK Khimki | 1:0 | ||||
| 38. Jornada | 20.05.2017 | FK Khimki | - | FK Tosno | 1:3 |
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