| 1. Jornada | 22.01.2006 | Atlas Guadalajara | - | Veracruz (old) | 2:0 | ||||
| 5. Jornada | 12.02.2006 | Atlas Guadalajara | - | Monarcas Morelia | 1:1 | ||||
| 7. Jornada | 26.02.2006 | UAG Tecos | - | Atlas Guadalajara | 0:4 | ||||
| 8. Jornada | 05.03.2006 | Atlas Guadalajara | - | Deportivo Toluca | 0:1 | ||||
| 9. Jornada | 11.03.2006 | Jaguares Chiapas | - | Atlas Guadalajara | 2:2 | ||||
| 10. Jornada | 16.03.2006 | Atlas Guadalajara | - | Pumas UNAM | 0:0 | ||||
| 11. Jornada | 19.03.2006 | Atlante | - | Atlas Guadalajara | 0:1 | ||||
| 12. Jornada | 26.03.2006 | Atlas Guadalajara | - | UANL Tigres | 0:2 |  |
|||
| 15. Jornada | 17.04.2006 | Deportivo Guadalajara | - | Atlas Guadalajara | 0:3 | ||||
| 17. Jornada | 30.04.2006 | Club San Luis | - | Atlas Guadalajara | 2:1 |
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