| 2. Jornada | 21.07.2012 | NK Maribor | - | FC Koper | 0:0 | ||||
| 9. Jornada | 16.09.2012 | FC Koper | - | NK Celje | 1:0 | ||||
| 10. Jornada | 22.09.2012 | FC Koper | - | NK Aluminij | 0:0 | ||||
| 11. Jornada | 26.09.2012 | FC Koper | - | NK Maribor | 2:3 | ||||
| 13. Jornada | 06.10.2012 | FC Koper | - | NK Domžale | 1:2 | ||||
| 15. Jornada | 27.10.2012 | FC Koper | - | ND Gorica | 4:0 | ||||
| 16. Jornada | 04.11.2012 | ND Mura 05 | - | FC Koper | 2:3 |  |
|||
| 17. Jornada | 07.11.2012 | FC Koper | - | Olimpija Ljubljana | 2:0 | |
|||
| 18. Jornada | 10.11.2012 | NK Celje | - | FC Koper | 0:1 | |
|||
| 19. Jornada | 18.11.2012 | NK Aluminij | - | FC Koper | 1:1 | ||||
| 20. Jornada | 25.11.2012 | NK Maribor | - | FC Koper | 3:0 | ||||
| 21. Jornada | 01.12.2012 | FC Koper | - | NK Triglav | 1:1 | |
|||
| 24. Jornada | 16.03.2013 | ND Gorica | - | FC Koper | 1:1 | ||||
| 28. Jornada | 13.04.2013 | FC Koper | - | NK Aluminij | 3:0 | ||||
| 25. Jornada | 17.04.2013 | FC Koper | - | ND Mura 05 | 3:1 | ||||
| 29. Jornada | 20.04.2013 | FC Koper | - | NK Maribor | 2:1 | ||||
| 30. Jornada | 28.04.2013 | NK Triglav | - | FC Koper | 1:1 |
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