| 18. Jornada | 21.01.2007 | Colonia | - | Augsburgo | 1:1 | ||||
| 19. Jornada | 26.01.2007 | Wacker Burghausen | - | Colonia | 1:3 | ||||
| 20. Jornada | 04.02.2007 | Colonia | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 | ||||
| 21. Jornada | 09.02.2007 | Eintracht Braunschweig | - | Colonia | 0:1 | ||||
| 22. Jornada | 18.02.2007 | Rot-Weiss Essen | - | Colonia | 5:0 | ||||
| 23. Jornada | 25.02.2007 | Colonia | - | SC Paderborn 07 | 1:1 |  |
|||
| 24. Jornada | 05.03.2007 | Karlsruher SC | - | Colonia | 2:1 | ||||
| 25. Jornada | 11.03.2007 | Colonia | - | SpVgg Unterhaching | 4:1 | ||||
| 26. Jornada | 19.03.2007 | Hansa Rostock | - | Colonia | 1:1 | ||||
| 27. Jornada | 01.04.2007 | Colonia | - | TuS Koblenz | 3:1 | |
|||
| 28. Jornada | 05.04.2007 | Erzgebirge Aue | - | Colonia | 0:1 | ||||
| 29. Jornada | 15.04.2007 | Colonia | - | SC Freiburg | 0:3 |
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