| Grupo 4 | 12.02.2004 | Alianza Lima | - | São Paulo FC | 1:2 | ||||
| Grupo 4 | 26.02.2004 | São Paulo FC | - | Cobreloa | 3:1 | ||||
| Grupo 4 | 05.03.2004 | LDU Quito | - | São Paulo FC | 3:0 | ||||
| Grupo 4 | 11.03.2004 | São Paulo FC | - | LDU Quito | 1:0 | ||||
| Grupo 4 | 25.03.2004 | Cobreloa | - | São Paulo FC | 1:2 | ||||
| Grupo 4 | 08.04.2004 | São Paulo FC | - | Alianza Lima | 3:1 | ||||
| Octavos de final | 07.05.2004 | Rosario Central | - | São Paulo FC | 1:0 |  |
|||
| Cuartos de final | 20.05.2004 | São Paulo FC | - | Deportivo Táchira | 3:0 | ||||
| Cuartos de final | 27.05.2004 | Deportivo Táchira | - | São Paulo FC | 1:4 | ||||
| Semifinales | 10.06.2004 | São Paulo FC | - | Once Caldas | 0:0 | ||||
| Semifinales | 17.06.2004 | Once Caldas | - | São Paulo FC | 2:1 |  |
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