| 1. Jornada | 27.07.2008 | Sport Boys | - | Cienciano | 0:0 | ||||
| 2. Jornada | 30.07.2008 | Cienciano | - | José Gálvez | 2:1 | ||||
| 3. Jornada | 03.08.2008 | FBC Melgar | - | Cienciano | 1:0 | ||||
| 4. Jornada | 06.08.2008 | Cienciano | - | César Vallejo | 2:1 | ||||
| 5. Jornada | 10.08.2008 | Cienciano | - | Universitario de Deportes | 2:1 |  |
|||
| 6. Jornada | 13.08.2008 | Universidad San Martín | - | Cienciano | 1:1 | ||||
| 8. Jornada | 24.08.2008 | Juan Aurich | - | Cienciano | 1:0 | ||||
| 9. Jornada | 30.08.2008 | Atletico Minero | - | Cienciano | 1:1 | ||||
| 10. Jornada | 13.09.2008 | Cienciano | - | Sport Áncash | 0:1 | ||||
| 11. Jornada | 18.09.2008 | Alianza Lima | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| 12. Jornada | 21.09.2008 | Coronel Bolognesi | - | Cienciano | 2:0 | |
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| 16. Jornada | 22.10.2008 | José Gálvez | - | Cienciano | 1:0 | ||||
| 19. Jornada | 05.11.2008 | Cienciano | - | Universidad San Martín | 2:1 | |
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| 21. Jornada | 15.11.2008 | Cienciano | - | Juan Aurich | 3:1 | ||||
| 22. Jornada | 23.11.2008 | Cienciano | - | Atletico Minero | 1:1 | ||||
| 23. Jornada | 30.11.2008 | Sport Áncash | - | Cienciano | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 03.12.2008 | Cienciano | - | Alianza Lima | 4:1 | ||||
| 25. Jornada | 07.12.2008 | Cienciano | - | Coronel Bolognesi | 2:2 |
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