| 1. Jornada | 20.09.1999 | Panathinaikos | - | AO Trikala | 2:0 | ||||
| 2. Jornada | 26.09.1999 | AEK Athen | - | Panathinaikos | 1:2 | ||||
| 3. Jornada | 03.10.1999 | Panathinaikos | - | PAOK Saloniki | 1:1 | ||||
| 4. Jornada | 17.10.1999 | Panathinaikos | - | PS Kalamata | 5:0 |  |
|||
| 5. Jornada | 25.10.1999 | Ethnikos Asteras | - | Panathinaikos | 1:2 | ||||
| 6. Jornada | 31.10.1999 | Panathinaikos | - | Iraklis Saloniki | 3:0 | |
|||
| 8. Jornada | 21.11.1999 | Panathinaikos | - | Olympiacos | 2:0 | ||||
| 15. Jornada | 17.01.2000 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 2:1 | ||||
| 24. Jornada | 19.03.2000 | Panathinaikos | - | Paniliakos Pyrgos | 3:1 | ||||
| 25. Jornada | 26.03.2000 | Olympiacos | - | Panathinaikos | 2:2 |  |
|||
| 26. Jornada | 02.04.2000 | Panathinaikos | - | Ionikos Nikea | 5:0 | ||||
| 27. Jornada | 12.04.2000 | Aris Saloniki | - | Panathinaikos | 0:2 | ||||
| 28. Jornada | 17.04.2000 | Panathinaikos | - | OFI Heraklion | 3:2 | ||||
| 29. Jornada | 22.04.2000 | Panathinaikos | - | Skoda Xanthi | 2:1 | ||||
| 30. Jornada | 03.05.2000 | Panachaiki GE | - | Panathinaikos | 1:0 | |
|||
| 31. Jornada | 08.05.2000 | Panathinaikos | - | AO Proodeftiki | 3:1 | ||||
| 32. Jornada | 14.05.2000 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 0:4 |
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