| Grupo A | 19.08.2012 | Cienciano | - | Universitario de Deportes | 3:0 |  |
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| Grupo A | 26.08.2012 | Sport Huancayo | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| Grupo A | 02.09.2012 | Cienciano | - | Cobresol FBC | 2:0 | ||||
| Grupo A | 16.09.2012 | Universidad San Martín | - | Cienciano | 1:0 | ||||
| Grupo A | 22.09.2012 | Cienciano | - | Inti Gas | 0:0 | ||||
| Grupo A | 30.09.2012 | José Gálvez | - | Cienciano | 0:3 | ||||
| Grupo A | 21.10.2012 | Universitario de Deportes | - | Cienciano | 1:1 |  |
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| Grupo A | 27.10.2012 | Cienciano | - | Sport Huancayo | 1:1 | ||||
| Grupo A | 01.11.2012 | Cobresol FBC | - | Cienciano | 1:2 | |
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| Grupo A | 04.11.2012 | Cienciano | - | Universidad San Martín | 2:2 | ||||
| Grupo A | 07.11.2012 | Cienciano | - | Sporting Cristal | 1:2 | |
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| Grupo A | 10.11.2012 | Inti Gas | - | Cienciano | 0:1 | |
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| Grupo A | 25.11.2012 | Sporting Cristal | - | Cienciano | 3:3 |
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